在国内高等教育发展变革之中，吉林大学曾发挥了不可磨灭亦不可取代的重要作用。1981年，被国务院批准为全国首批博士和硕士学位授予单位。1984年成为首批试办研究生院的22所大学之一；1985年成为首批博士后流动站建站单位之一；1995年成为首批211工程高校之一；1996年3月成为首批正式建院的研究生院之一，有太多蓝图与尝试从吉林大学走向现实。。

2000年院系大合并开始，吉林工业大学，白求恩医科大学，长春科技大学和长春邮电学院，相继并入吉林大学。随着中国人民解放军军需大学的转隶并入，一校六区办学格局形成，吉林大学院系合并宣布告终。

部分高校在这样一场范围广泛的院系调整中，并入诸多知名高校和王牌专业，至今已然成为顶尖高校；部分高校在这样一场声势浩大的院系调整中，决策失误盲目合并，恐被庞大办学体系拖垮。

而谈及在院系调整中胜出的高校，就不得不提及浙江大学和华中科技大学。相互合并的高校，大多地理位置相近，存在着“血缘关系”。比如同根同源的浙江大学，杭州大学，浙江农业大学和浙江医科大学，合并组建了新的浙江大学。比如华中科技大学合并本该与同济大学和武汉大学存在“血缘关系”的同济医科大学，一跃成为四大工学院之首。

再来看吉林大学合并的几所高校，原吉林工业大学隶属于机械工业部，原白求恩医科大学隶属于卫生部，原长春科技大学隶属于国土资源部，原长春邮电大学隶属于信息产业部，原中国人民解放军军需大学隶属于总后勤部。而这些部门直属，在当时各个领域无论是办学实力，还是教学资源，都相对占据优势。

在第四轮学科评估中，吉林大学共有11个A类学科，其中马克思主义理论和化学获评为A，机械工程和计算机科学等9个学科获评为A-。吉林大学作为985工程高校，却没有A+学科，而原本已经入选211工程的吉林工业大学的王牌学科更是优势不再。很多人因此认为吉林大学院系合并不进拖垮科以自己，也影响了并入高校的发展。

对比当然与吉林工业大学齐名的合肥工业大学来看，独立办学的合肥工业大学在第四轮学科评估中同样只有管理科学与工程这个A类学科，而原本顶尖的机械工程，仪器科学与技术仅获评为B+。不可否认，综合性大学在资源分配上平均于庞大学科体系，但却同样为各个学科提供了更高的起点，和更大的平台。

自入选世界一流大学A类建设名单以来，吉林大学人工智能学院，考古学院相继成立，入选强基计划试点高校。吉林大学在发展传统优势专业的同时，同样在新兴专业领域积极探索，在第五轮学科中吉林大学势必会有所突破。